Après la dictature de Porfirio Diaz (1876-1911) au Mexique, il y eut une période de guerre civile et de troubles. Dans ces conditions, la situation de l'Eglise mexicaine fut rendue extrêmement difficile, surtout après l'entrée en vigueur le 5 février 1917 d'une constitution anticléricale et violemment anticatholique. La situation empira à partir de 1924 sous l'action du gouvernement Calles qui interdit le culte catholique.

José Isabel naquit à Santa Maria de la Paz, Zacatecas, dans le diocèse de Guadalajara le 28 novembre 1866. Il fut curé à Matatlan (dans le diocèse de Guadalajara) pendant 26 ans. Il fut un père attentif pour ses paroissiens, zélé dans la prière et l'esprit de sacrifice.

Il fut odieusement trahi par l'un de ses vieux amis paroissiens qui, à l’instar de Judas, le dénonça aux autorités locales de Zapotlanejo, le petit bourg où il exerçait son ministère paroissial dans la clandestinité.

Il fut arrêté le 18 juin 1927 alors qu'il s'apprêtait à célébrer la messe dans un ranch, et emprisonné pendant trois jours. Le 21 juin, il fut conduit de nuit dans le cimetière du village par une escorte de militaires.

Arrivés là, ils choisirent un arbre, ont passèrent une corde à l’une des branches et passèrent ensuite la corde autour du coup du bon prête : commença alors un jeu raffiné : le faire monter presque jusqu'à l’asphyxie, et le faire descendre ensuite pour qu'il respire. Fatigués ils arrêtèrent le supplice.

Le chef ordonna alors qu’on le fusille, mais le soldat chargé de cette besogne ayant reconnu le prêtre qui l’avait baptisé, refusa de tirer.

— Je ne lèverai pas la main contre le père ; il m'a baptisé.

Son chef, furieux, lui dit : — Nous te tuons toi aussi.

— Je ne le ferai pas ; je préfère mourir avec mon parrain, dit le soldat.

Alors, furieux, le chef le tua, puis désigna ceux qui devaient tirer sur le Père Flores. Mais, curieusement les coups de feu ne sont pas partis et les bourreaux finirent par égorger le valeureux prêtre.

Le crime consommé, le corps du prêtre martyr fut enterré dans le cimetière, là même où il venait de donner sa vie pour le Christ.

Ses restes mortels sont conservés à Matatlán, Jalisco.

José Isabel Flores Varela fut béatifié en 1992 et canonisé en 2000.